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GACHAは、次世代シークエンサー(NextSeq2000)のライブラリー調整、シークエンシング、バイオインフォマティクス解析を行うサービスで、2023年4月から提供を始めました。北海道大学遺伝子病制御研究所に所属する研究者が、研究業務の合間に、最先端の技術を使った解析を行います。各研究に合わせた柔軟なサービス、そして、実際の論文に使えるデータの提供を行います。
次世代シークエンサーを使ったシークエンシング、ライブラリー調整、バイオインフォマティクス解析を行います
mRNAの3'末端に付随するポリ(A)テールを利用して、遺伝子の転写物の末端部分を標識し、シーケンシングする手法です。RNAのサンプル量が少なくても高感度かつ高精度に発現解析を行うことができるため、単一細胞や微量サンプルの解析に適しています。必要なリード数が少なくて済むため低コストでの解析が可能です。本解析室では、QIAGENのQIAseq UPX 3' Transcriptome Kitsでサンプル調整し、1サンプルあたり10万リードのデータをシークエンスします。
原核生物の16S リボソームRNA遺伝子(16SrRNA)の増幅産物をシークエンスすることにより、細菌叢の組成を定量する手法です。16SrRNAの遺伝子の長さはおよそ1500bpで保存領域に可変領域が9つ散在しています。本解析室では、このうちのV3とV4の可変領域のシークエンスを決定しするイルミナの16S Metagenomic Sequencing Library Preparationキットを用いることでサンプル調整し、1サンプルあたり10万リードのデータをシークエンスします。
通常のRNA-seq(Bulk RNA-seq)と異なり、個々の細胞の遺伝子発現を定量します。本解析室では、BD Rhapsody single-cell sequencing library prepキットを用いて、1条件あたり約5000細胞、合計で4万細胞までのマルチプレックスでライブラリーを作成します。細胞あたり2.5万リードのデータをシークエンスします。
シークエンス済サンプル数
現在のシークエンス待ちサンプル数
相談中のプロジェクト
進行中のプロジェクト